Prosódia

É a área responsável pela correta acentuação tônica das palavras, englobando o ritmo, a entonação e demais atributos que contribuem para uma fala (e escita) correta.

Existem palavras que podem assumir duplas pronúncias e escritas:

ACROBATA (paroxítona) / ACRÓBATA (proparoxítona);

TRANSISTOR (oxítona) / TRANSÍSTOR (paroxítona);

OCEANIA (paroxítona; hiato) / OCEÂNIA (paroxítona; ditongo);

AZALEIA (paroxítona) / AZÁLEA (proparoxítona);

PROJÉTIL (paroxítona) / PROJETIL (oxítona)
Mas atenção: o plural de projétil é projéteis, e de projetil é projetis;

RÉPTIL (paroxítona) / REPTIL (oxítona)
Mas atenção: o plural de réptil é répteis, e de reptil é reptis;

CRISÂNTEMO (proparoxítona) / CRISANTEMO (paroxítona);

XEROX (oxítona) / XÉROX (paroxítona);

LÊVEDO (proparoxítona) / LEVEDO (paroxítona);

ELÉTRODO (proparoxítona) / ELETRODO (paroxítona).

Existem palavras que têm a escrita semelhante, mas devido à pronúncia diferente assumem significados diferentes:
CUPIDO (paroxítona) / CÚPIDO (proparoxítona):
Enquanto CUPIDO refere-se ao Deus do Amor, CÚPIDO significa ávido, ambicioso;

FERVIDO (paroxítona) / FÉRVIDO (proparoxítona):
Enquanto FERVIDO é o particípio do verbo ferver, FÉRVIDO é sinônimo de ardoroso, apaixonado;

PROVIDO (paroxítona) / PRÓVIDO (proparoxítona):
Enquanto PROVIDO é o particípio do verbo prover, PRÓVIDO é que provê, sinônimo de providente;

RUPIA (paroxítona, hiato) / RÚPIA (paroxítona, ditongo):
Enquanto RUPIA é a moeda utilizada nos países Indonésia, Índia, Paquistão, Sri Lanka, Nepal, Maurícia, Seicheles, Indonésia e Maldivas, RÚPIA designa uma planta do gênero Ruppia, da família das ruppiáceas;

SUTIL (oxítona) / SÚTIL (paroxítona):
Enquanto SUTIL significa delicado, tênue, SÚTIL é tudo aquilo que é cosido, composto de emendas;

VALIDO (paroxítona) / VÁLIDO (proparoxítona):
Enquanto VALIDO é protegido, particípio do verbo valer, VÁLIDO é o que tem valor, o que tem saúde;

VIVIDO (paroxítona) / VÍVIDO (proparoxítona)
Enquanto VIVIDO significa experiente, VÍVIDO é o que tem vivacidade;

Algumas palavras que geram dúvidas quanto à prosódia:

a) oxítonas:
algoz (pronuncia-se com "o" fechado, assim como em arroz); novel, Nobel, cateter, cister, condor, hangar, mister, negus, recém, refém, ruim, sutil, ureter, Gibraltar, obus.

b) paroxítonas:
autópsia, avaro, boêmia, caráter, fluido, intuito, gratuito, fortuito, circuito, avito, barbárie, caracteres, cartomancia, ciclope, erudito, ibero, ônix, poliglota, pudico, rubrica, tulipa, âmbar, decano, exegese, filantropo, grácil, refrega, simulacro, têxtil, transido, maquinaria, periferia, austero, recorde, látex, néon.

c) proparoxítonas:
aeródromo, alcoólatra, álibi, âmago, antídoto, protótipo, arquétipo, quadrúmano, vermífugo, zéfiro, zênite, ínterim, idólatra, fac-símile, etíope, égide, cotilédones, aríete, âmago, amálgama, bímano, bávaro, bólido, chávena, cânhamo, êmbolo, plêiades, aerólito, trânsfuga.

Há ainda as palavras que são pronunciadas erroneamente, como é o caso de "extinguir". Com o dígrafo "gui" pronunciado erroneamente como "arguir", esta palavra tem a pronúncia de "perseguir". O "X" de "inexorável" pronuncia-se como em "exame".

Fontes:
http://pt.wikipedia.org/wiki/Pros%C3%B3dia

http://pt.wikipedia.org/wiki/Rupia#cite_note-0